Konsekwencje dla pracodawcy związane z nieprzestrzeganiem przepisów dotyczących systemu rejestracji czasu pracy mogą być poważne. Przede wszystkim pracodawca może ponieść konsekwencje finansowe w postaci kar pieniężnych. Na przykład Inspekcja Pracy może nałożyć mandat lub kary finansowe za brak systemu rejestracji czasu pracy. Ponadto, nieprzestrzeganie przepisów może prowadzić do utraty zaufania ze strony pracowników oraz wpłynąć negatywnie na atmosferę pracy w firmie. Jeśli pracownicy czują, że ich prawa nie są przestrzegane, mogą zgłaszać skargi i nawet skorzystać z porady prawnej lub złożyć pozew przeciwko pracodawcy. W skrajnych przypadkach nielegalne praktyki związane z rejestracją czasu pracy mogą prowadzić do konsekwencji sądowych, a nawet zamknięcia firmy przez organy kontrolne. Dlatego ważne jest, aby pracodawca przestrzegał przepisów dotyczących systemu rejestracji czasu pracy, zarówno dla dobra swoich pracowników, jak i dla uniknięcia poważnych konsekwencji prawnych.