Systemy mobilne a stacjonarne różnią się sposobem, w jaki zapisujemy czas pracy. W systemie mobilnym zazwyczaj korzystamy z aplikacji na smartfonie lub tablecie, co pozwala pracownikom rejestrować czas pracy praktycznie z każdego miejsca, nawet gdy są poza biurem. Przykładem takiego systemu jest np. Timesheet Mobile. Natomiast systemy stacjonarne to te, które korzystają z tradycyjnego sprzętu zainstalowanego w biurze, np. karty magnetyczne czy czytniki linii papilarnych. Przykładem systemu stacjonarnego jest np. program Optima HR. W skrócie, różnica polega na tym, że systemy mobilne są bardziej elastyczne i pozwalają na rejestrowanie czasu pracy z dowolnego miejsca, podczas gdy systemy stacjonarne wymagają fizycznej obecności pracownika w biurze lub innym miejscu z zainstalowanym sprzętem.